据最新方案内容显示，横琴粤澳深度合作区范围为：合作区实施范围为横琴岛“一线”和“二线”之间的海关监管区域，总面积约106平方公里。其中，横琴与澳门特别行政区之间设为“一线”；横琴与中华人民共和国关境内其他地区（以下简称内地）之间设为“二线”。
方案提到，布局建设一批发展急需的科技基础设施，组织实施国际大科学计划和大科学工程，高标准建设澳门大学、澳门科技大学等院校的产学研示范基地，构建技术创新与转化中心，推动合作区打造粤港澳大湾区国际科技创新中心的重要支点。大力发展集成电路、电子元器件、新材料、新能源、大数据、物联网、生物医药等产业。
《方案》提出，发展科技研发和高端制造产业。大力发展集成电路、新能源等产业。完善企业所得税优惠政策，对合作区符合条件的产业企业减按15%税率征收企业所得税。对在合作区工作的境内外高端人才和紧缺人才，其个人所得税负超过15%的部分予以免征。
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